Montpellier SupAgro est habilité à délivrer seule le doctorat pour l'ensemble des formations concernées.
La recherche systématique de co-accréditation est une composante de sa stratégie. Elle témoigne de sa volonté forte de collaboration et de synergie avec les universités montpelliéraines et symétriquement de la reconnaissance par celles-ci de son rôle scientifique et pédagogique.
Montpellier SupAgro est co-accrédité pour 3 écoles doctorales. Elle contribue à leur financement et accueille dans ses locaux plusieurs des modules de formation doctorales.
Responsables des filières doctorales pour Montpellier SupAgro de